Малаколог

я с Вами также соглашусь в отказе признания молекулярке единственной правильной доктриной в систематике

Единственное, на что хотелось бы возразить - это то что в какой-то степени анализ сходства определённых локусов сродни обычной кладистике когда анализирую любые другие признаки как то анатомические. В данном случае здесь оспариваемый подход (кладистика) сочитается с плохо провереными признаками (гены - я думаю никто не будет спорить что в отличии от анатомических признаков они изучены настолько плохо что в будущем стоит ожидать ещё много новых интересных обобщений и закономерностей, которые существенно повлияют на нашу трактовку результатов).
Что до "универсальности" специалистов генетического профиля то как правило чем "универсальнее" специалист тем как правило глупее у него получается работа. Хорошие примеры применения генетики - это когда она учтена совместно с совокупностью стандартных морфологических данных, и интерпритирована специалистами по группам. Здесь на мой взгляд не дело не столько в генетике сколько в том что её иногда пытаются применять в "одно рыло" т.е. без учёта других данных. Т.е. таким же образом можно говорить о том что данные о радуле, раковине, половой системе и пр. - мало чего дают для систематики моллюсков, однако совокупность в целом результативна, а если добавить к ней и генетику то возможна она поможет решить многие спорные вопросы.

Так и я не ортодокс молекулярки. А насчет кладистики, так ее второе пришествие как раз с молекуляркой и связано. Раньше-то ей палеонтологи больше баловались, но оказалось, что это чуть ли не единственный алгоритм, позволяющий сравнивать цепочки последовательностей. Во всяком случае альтернативы при близком рассмотрении все равно оказывааются кладистическими с точки зрения арифметики. Так что, конечно правильно, что всегда должен использоваться комплекс методологий, хотя, боюсь, мы никогда не докажем генетикам, что дрозофила - не ракообразное, а крокодил - не птица.

Но в плане разграничения надвидовых таксонов молекулярка помогает, причем, чем крупнее таксон, тем больше. Во всяком случае мои построения по сукториям, основанные на морфологии и способах размножения, пока неплохо ложаться на молекулярные деревья, но только если не смотреть на крону вообще, а анализировать ветви первого-второго порядка. Ну и помнить, что монофилетический корешок - это следствие методики, а не объективная реальность, и монофилию еще надо доказывать другими способами.

Докажем, но только тогда когда генетика выйдет их моды и цитируемость генетических статей спустится на более низкий уровень. Тогда те кто гоняется за цитированием а не за результатом переметсятся в дургуую, более модную область.


Собственно сейчас на систему моллюсков как типа и отдельных классов смотрят как раз преимущественно по молекулярке и сравнивают с морфологическими данными. надо сказать, что местами сходится!

Кладистика - вещь сама по себе неплохая и как самостоятельный таксономический подход, даже таксономическая философия, имеет право на существование. Надвидовые таксоны в молекулярке ложатся обычно неплохо на схему таксонов, выделенную по морфологии, во всяком случае у прудовиков так, а вот с видами порой бывает свистопляска. А порой - нет .

Да, по большому счету, для надвидовых таксонов кладистика и филогенетика непротиворечивы и тут действительно генетик может брать и строить клады. Тоже очень много нюансов, но как раз тех, которые генетику-эволюционисту понятны - всякие мобильные элементы, горизонтальный перенос генов вирусами, симбиогенез и т.д.

А вот относительно таксонов группы вида - здесь все уже сложнее, поскольку нет общепринятой концепции вида. Большинство систематиков используют
или 1) типологическую - вид - то, что похоже на голотип
или 2) биологическую Майра - вид - то, что свободно скрещивается
или 3) расширенную биологическую - Симпсона - вид, - то что совокупно эволюцонирует
а молекулярщики - 3) филогенетическую - вид (и любой другой таксон) - сегмент похожих особей, связанных родством родитель - потомки.
Я утрирую, конечно.

Собственно, филогенетическая концепция очень уязвима и теоретически совершенно недоработана, но зато в ее рамках можно напрямую дробить виды молекуляркой сколько влезет.

Кстати, всем советую почитать спецвыпуск Трудов ЗИНа по проблемам видообразования и концепции вида за 2009 г.
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/vid2009.djvu - там несколько хороших обзоров, в том числе и по филогеографии.

я не имею ничего против кладистики в целом, другое дело что её применеие должно быть хорошо осмыслено и признаки мотивированы. Но в молекулярке применяется она увы без какого-либо сознательного вмешательства специалситов - "чистая кладистика" вот она-то и плоха. Тоже самое если бы кто-то ввёл макисмально возможное колличество признаков не задумываясь об их смысле и построил бы кладограмму.

Недавно прочитал одну занятную статью, в которой прямо утверждается, что нынешняя молекулярная систематика с кладистикой ничего общего не имеет, кроме поверхностного сходства. Это конвергенция своего рода. На самом же деле, молекулярные систематики потихоньку отбросили важнейший постулат кладистики - о том, что монофилетические таксоны должны выделяться на основе синапоморфий. И в современных работах ничего про синапоморфии нет, запросто выделяются молекулярные клады, которые не поддерживаются морфологически, а критерий доказательства путем поиска синапоморфий заменен критериями статистической достоверности.
Статья эта вот: http://www.mapress.com/zootaxa/2010/f/zt02450p040.pdf ("Philogenies without Synapomorphies").
Рекомендую ознакомиться, лежит в открытом доступе.

Кстати, именно в ихтиологии было наворочено множество бредятины с использованием молекуярных методов. Можно учиться на ошибках...
И спасибо за статью. Не далее как летом у меня как раз на эту тему вышел спор с замом по науке КазНИИРХа. Аргументированного ответа на мое возражение, что этот этап молекулярных исследований не выше по значимости пластических признаков, я не услышал. Вероятность того, что удасться поймать одну из ключевых последовательностей ниже миллиардной, о чем зедсь можно говорить. Только о том, что одна конкретная популяция (!) одного конкретного вида отличается от другой популяции другого вида несколькими нуклеотидами на определенном участке цепи ДНК.
Конечно же, сейчас я поерничал, выслав ему эту статью, не без этого .
Пока писал этот пост пришел от него ответ с напоминанаем о служебных обязанностях

Пошлите ему вот такую ещё статью: http://www.mitpressjournals.org/doi/pdf ... 06.1.4.357
Тоже весьма зубастая, хотя речь там идет не о рыбах, а о том, какой вид следует считать ближайшим родственником человека. Обычно считают и в учебниках пишут, что шимпанзе. А вот авторы высказывают гипотезу о том, что этим ближайшим родственником вполне может быть орангутан. А попутно критикуют методологические основы молекулярной систематики